La historia de la Compañía de Operaciones Especiales, se encuentra enlazada con la historia de la Unidad que revista (Brigada Aérea III), remontándose hacia los orígenes de esta, con la conformación de la USACBL, inicialmente y las experiencias primarias en el área de paracaidismo hacia mediados de la década del 60.
Ya hacia el 13 de Diciembre de 1979, según la Orden del Comando General de la Fuerza Aérea Nº1894, se dispone la creación de la Brigada de Seguridad Terrestre y con medios y personal de USACBL, conformándose la misma con un Comando para su organización dos Compañías de Seguridad Terrestre y el Grupo de Operaciones Especiales (GOE), siendo esta la antesala de lo que pasara a denominarse más tarde COE, por sus siglas actuales.
La evolución constante de la fuerza de medios y materiales como así también las necesidades operativas de aquel puñado de hombres, permitió realizar diversos cursos tanto a nivel nacional, como en el extranjero, destacándose las actividades de paracaidismo por medio del Ejercito Nacional, y la posibilidad dada por medio del gobierno de Estados Unidos de recibir el Curso de Fuerza de Reacción Rápida por parte de instructores de la IAAFA siendo instruidos la totalidad de los efectivos del GOE en el año 1992.
Más tarde un nuevo grupo de Instructores asistirá nuevamente para impartir este curso en el año 2008, siendo las bases que permitirán la conformación de los cursos básicos de la Compañía.
Hacia el año 1999, con la asignación de un Escuadrón Aéreo a la BST, esta pasa a denominarse Brigada Aérea III, constituyéndose un Comando para esta, un Departamento de Coordinación de Operaciones, un Escuadrón de Base Aérea Nº 3, Escuadrón Aéreo Nº 7 y un Escuadrón de Seguridad Aeroportuaria (más tarde denominado Escuadrón de Policía Aérea Nacional). Dentro de este último Escuadrón mencionado, se encontrara conformado por dos compañías de Policía Aérea y la tercera restante conformada por la Compañía de Operaciones Especiales (ex GOE), de esta forma pasa a su denominación actual y dependencia orgánica y funcional.
De esta manera resumimos el marco constitutivo de la Compañía de Operaciones Especiales pero lo que se debe de destacar, es la esencia de sus funciones y valores que han pasado de generación en generación a lo largo de estos años, manteniéndose siempre firme el mismo objetivo, el cumplimiento de la misión asignada, bajo cualquier condición o situación.